Το 1669 το Ηράκλειο, το τελευταίο προπύργιο της Κρήτης πέφτει στα χέρια των Τούρκων. Αυτό σημαίνει και την πτώση του τελευταίου οχυρού της Χριστιανικής Ευρώπης στην ανατολική Μεσόγειο. Ο Χάνδακας άντεξε σε μια σκληρή πολιορκία που κράτησε 21 ολόκληρα χρόνια. Το χριστιανικό όμως στοιχείο και ειδικότερα οι κάτοικοι του Χάνδακα πλήρωσαν το βαρύ τίμημα της πολιορκίας σε ανθρώπινες ζωές και υλικές καταστροφές. Ο Γάλλος περιηγητής Tournefor που τον επισκέπτεται 30 χρόνια αργότερα τον χαρακτηρίζει «λείψανο πόλης». Με την κατάκτηση του Χάνδακα η Τουρκία πέτυχε τους σκοπούς της, που ήταν η γεωγραφική και οικονομική ενότητα της αυτοκρατορίας στο χώρο της ανατολικής Μεσογείου. Έτσι ολόκληρος σχεδόν ο χώρος - χερσαίος και νησιωτικός - εντάχθηκε στον κορμό της οθωμανικής αυτοκρατορίας, για να γίνει και η Κρήτη μια από τις επαρχίες της. Η κακοδιαχείριση, οι αυθαιρεσίες, οι φορολογικές επιβαρύνσεις και οι αγγαρείες, αποτελούσαν μια συνηθισμένη τουρκική τακτική. Από τα πρώιμα ως τα τελευταία χρόνια της τουρκοκρατίας σημειώνονται πολλές εξεγέρσεις για την αποτίναξη του τουρκικού ζυγού με το δυναστικό του χαρακτήρα. Το Νοέμβριο του 1898 φεύγει από το νησί και ο τελευταίος Τούρκος στρατιώτης, ενώ τον επόμενο μήνα αποβιβάζεται στη Σούδα ο Ύπατος αρμοστής Πρίγκιπας Γεώργιος και εγκαθιδρύεται έτσι η Κρητική Πολιτεία υπό την «υψηλή προστασία» της Αγγλίας, Ιταλίας, Γαλλίας και Ρωσίας έως το 1913, οπότε επιτυγχάνεται η ένωση με την Ελλάδα.