Η προϊστορία και η πρώιμη ιστορία της Κρήτης είναι σήμερα γνωστή χάρη στις εκτεταμένες αρχαιολογικές έρευνες και ανασκαφές που διεξήχθησαν στο νησί από Έλληνες και ξένους αρχαιολόγους, ήδη από τις τελευταίες δεκατίες του 19ου αιώνα. Η θαλασσοκράτειρα Κρήτη του Μίνωος δεν αποτελεί πλέον μυστηριώδη μύθο. Η "εκατόμπολις" του Ομήρου αποδείχθηκε ιστορική πραγματικότητα της 2ης χιλιετίας. Ο μεγάλος κρητικός "μινωικός" πολιτισμός αναπτύχθηκε πάνω στο νεολιθικό υπόβαθρο του νησιού και είναι σύγχρονος και εφάμιλλος με τους πολιτισμούς της Αιγύπτου και της Μεσοποταμίας.

 

Η ιστορία της Κρήτης εκτείνεται σε βάθος 8000 χρόνων. Σύμφωνα με αρχαιολογικές μαρτυρίες το νησί κατοικήθηκε στα νεολιθικά χρόνια. Γνωστοί νεολιθικοί οικισμοί Ηρακλείου ήταν η Κνωσσός , η Φαιστός, ο Κατσαμπάς. Είναι πιθανό ότι περιοδικά κατοικούνταν και τα σπήλαια : Στραβομύτης στο όρος Γιούχτα, Ειλειθυίας στις Γούβες, Τραπέζας στην Τύλισσο κ.α. Η προνομιακή θέση του νομού και η μορφολογία του εδάφους, που ευνοεί την ανάπτυξη πολλαπλών καλλιεργειών, αποτέλεσε πρόσφορη προϋπόθεση για τη δημιουργία ενός πολιτισμού με το όνομα "μινωικός πολιτισμός" που άνθισε για μια μακρόχρονη εποχή.

 

Την πρωτομινωική εποχή ακμάζουν η κεραμική τέχνη, η λιθοτεχνία, η μεταλλοτεχνία και η μικροτεχνία, ενώ ταυτόχρονα βελτιώνεται ο τρόπος κτίσης των σπιτιών, μεγαλώνουν οι οικισμοί και κτίζονται θολωτά κτίρια για την ταφή των νεκρών. Έξοχα παραδείγματα στο νομό Ηρακλείου αποτελούν οι οικισμοί της Κνωσσού, της Φαιστού , των Μαλίων και της Τρυπητής στα νότια. Μεγάλα θολωτά ταφικά κτίρια ανακαλύφθηκαν στην αρχαία Λεβήνα (σημερινός Λέντας) , στην Οδηγήτρια και στις Αρχάνες .

 

Η εποχή των περίφημων μεγάλων ανακτόρων της Κρήτης ξεκινάει περίπου το 1900 π.Χ. Τα σπουδαιότερα και τα μεγαλύτερα είναι συγκεντρωμένα στο νομό Ηρακλείου: Κνωσσός, Μάλια , Φαιστός, Αρχάνες, Μοναστηράκι. Αυτά τα ανάκτορα, μαζί με άλλα μικρότερα σε άλλες θέσεις, θα αποτελέσουν για 600 περίπου χρόνια «κέντρα δημιουργίας και ακτινοβολίας του ανακτορικού μινωικού πολιτισμού, του φαινομένου που άφησε βαθιά τη σφραγίδα του στην ιστορία της Κρήτης». Αυτήν την περίοδο γίνονται έργα κατασκευής δικτύων αποχέτευσης και ύδρευσης, τα οποία ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει στους παραπάνω αρχαιολογικούς χώρους, ενώ κτίζονται αποθήκες, για να φυλαχτούν οι σοδειές και τα αποθέματα τροφίμων. Στην ίδια εποχή χρονολογούνται τα περίτεχνα καμαραϊκά αγγεία, που αποτελούν έξοχο δείγμα της τελειοποίησης της κεραμικής τέχνης αυτής της περιόδου. Τα σκεύη πήραν το όνομά τους από το περίφημο σπήλαιο των Καμαρών στο όρος Ίδη, όπου πρωτοανακαλύφθηκαν. Την ίδια περίοδο έχουμε μια τομή στην πνευματική ανάπτυξη της μινωικής Κρήτης: τη χρήση της παλαιότερης γραφής που συναντάται με τη μορφή εγχάρακτων σχηματοποιημένων εικόνων πάνω σε σφραγίδες και σε αγγεία (Ιδεογράμματα ή Πικτογραφική). Το πιο διάσημο μνημείο αυτής της γραφής είναι ο πήλινος Δίσκος της Φαιστού στη Μεσαρά, ο οποίος δεν έχει αποκρυπτογραφηθεί.

 

Οι ανασκαφές στο Μινωικό μέγαρο του Σκλαβόκαμπου, της Αγίας Ειρήνης στον Κρουσώνα, των Κουρτών στο Ζαρό κ.α., που αποδεικνύουν τη σημασία των βουνών στη διαμόρφωση του μινωικού πολιτισμού. Αναρίθμητα είναι τα Ιερά Κορυφής, που αναπτύχθηκαν σε όλες σχεδόν τις κορυφές των βουνών της Κρήτης, καθώς και τα αρχαιολογικά ευρήματα σε όλα σχεδόν τα σπήλαια που αποδεικνύουν το λατρευτικό τους ρόλο και τη θέση που κατείχαν στη μινωική θρησκεία. Παρά το γεγονός ότι οι μεγάλες μινωικές πόλεις βρίσκονται σχεδόν πάντα σε στενή επαφή με τη θάλασσα, μέσα από τις ανασκαφικές και επιστημονικές έρευνες των τελευταίων χρόνων αναδεικνύεται η άρρηκτη σχέση των μεγάλων μινωικών κέντρων με την ορεινή ενδοχώρα. Σήμερα πλέον είναι αποδεδειγμένο ότι η κάθε μινωική πόλη διέθετε ένα ορεινό παραγωγικό κέντρο ζωτικής σημασίας για την προμήθεια σημαντικών πρώτων υλών, όπως το μαλλί, το μέλι κ.λπ.

 

Περίπου το 1650π.Χ. (Νεοανακτορική περίοδος) ιδρύεται νέο ανάκτορο στην Αγία Τριάδα, κοντά στη Φαιστό. Την ίδια εποχή η χρυσοχοΐα φτάνει στην ακμή της με περίτεχνα κοσμήματα που ανακαλύπτονται στην Κνωσό, στις Αρχάνες, στα Μάλια. Μερικά χρόνια αργότερα, στα 1450-25π.Χ. περίπου, ο μινωικός πολιτισμός κλονίζεται λόγω ενός καταστροφικού σεισμού και πυρκαγιάς, που σύμφωνα με πρόσφατα στοιχεία, δεν συνδέεται με το ηφαίστειο της Θήρας, όπως είχε υποστηριχθεί αρχικά. Μετά τη μεγάλη καταστροφή κάποια κέντρα συνεχίζουν να ακμάζουν π.χ. η Κνωσός στο νομό Ηρακλείου και η Κυδωνία στο νομό Χανίων. Στην Κρήτη σημειώνεται σημαντική εξέλιξη στη γραφή με την ανάπτυξη της Γραμμικής Β', με την οποία γράφεται η ελληνική μυκηναϊκή γλώσσα. Ωστόσο το μεγάλο ανάκτορο θα καταστραφεί το 1350-25 π.Χ. από εχθρική πιθανώς επιδρομή. Την αμέσως επόμενη περίοδο σημειώνεται μεγάλη ακμή σε ανακτορικά κτίρια στην Αγία Τριάδα και στον Κομμό .

 

Μετά το 1100π.Χ. (Υπομινωική περίοδος) τελειώνει η εποχή του Χαλκού και ξεκινάει μια περίοδο μεγάλων αναστατώσεων. Οι Μινωίτες, για να αντιμετωπίσουν "τους εισβολείς" χτίζουν νέους οικισμούς σε δυσπρόσιτες θέσεις, όπως το "Καρφί". Οι αναστατώσεις αυτές θα διαρκέσουν περίπου μέχρι και τους δύο πρώτους αιώνες της 1ης χιλιετίας π.Χ. Από το τέλος της δύσκολης αυτής περιόδου ξεκινάει μια νέα πολιτική οργάνωση στην Κρήτη, εκείνη των αυτόνομων πόλεων κρατών «που όταν δεν πολεμούν μεταξύ τους συμμαχούν εναντίον άλλων». Οι πόλεις της Κρήτης στην 1η χιλιετία π.Χ. έχουν ακροπόλεις με σαφή αμυντικό χαρακτήρα, κάτι που έχει μερικώς διασωθεί στη Γόρτυνα , στη Λύκτο και αλλού στην Κρήτη.